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Chiroptera Blumenbach, 1779 (12)
Cistugidae (1)- Emballonuridae Gervais, 1856 (4)
- Hipposideridae Lydekker, 1891 (5)
- Megadermatidae H. Allen, 1864 (2)
- Miniopteridae (1)
- Miniopterus Bonaparte, 1837 (19)
Miniopterus aelleni Goodman et al., 2009- Miniopterus africanus Sanborn, 1936
- Miniopterus brachytragos Goodman et al., 2009
- Miniopterus egeri Goodman et al., 2011
- Miniopterus fraterculus Thomas & Schwann, 1906
- Miniopterus gleni Peterson, Eger & Mitchell, 1995
- Miniopterus griffithsi Goodman et al., 2010
- Miniopterus griveaudi Harrison, 1959
- Miniopterus inflatus Thomas, 1903
- Miniopterus mahafaliensis Goodman et al., 2009
- Miniopterus majori Thomas, 1906
- Miniopterus manavi Thomas, 1906
- Miniopterus minor Peters, 1867
- Miniopterus natalensis (A. Smith, 1833)
- Miniopterus newtoni Bocage, 1889
- Miniopterus petersoni Goodman et al., 2008
- Miniopterus schreibersii (Kuhl, 1817)
- Miniopterus sororculus Goodman et al., 2007
- Miniopterus villiersi Aellen, 1956
- Molossidae Gervais, 1856 (8)
- Myzopodidae Thomas, 1904 (1)
- Nycteridae Van der Hoeven, 1855 (1)
- Pteropodidae Gray, 1821 (14)
- Rhinolophidae Gray, 1825 (1)
- Rhinopomatidae Bonaparte, 1838 (1)
- Vespertilionidae Gray, 1821 (16)